ส่วนราชการในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข หมายถึง ส่วนราชการตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. 2560 ดังนี้

1. กองส่วนกลาง จำนวน 12 กอง
2. สำนักงานสาธารณสุขจังหวัด จำนวน 76 แห่ง
3. สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ จำนวน 878 แห่ง

การพัฒนาคุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ หมายถึง การดำเนินการพัฒนาคุณภาพการบริหารจัดการองค์กรตามแนวทางเกณฑ์คุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ พ.ศ.2562 (Public Sector Management Quality Award : PMQA) ประกอบด้วย 1) ลักษณะสำคัญขององค์กร 2) เกณฑ์คุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ 7 หมวด คือ หมวด 1 การนำองค์การ หมวด 2 การวางแผนเชิงยุทธศาสตร์ หมวด 3 การให้ความสำคัญกับผู้รับบริการและผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย หมวด 4 การวัด การวิเคราะห์และการจัดการความรู้ หมวด 5 บุคลากร หมวด 6 การปฏิบัติการ และหมวด 7 ผลลัพธ์การดำเนินการ โดยส่วนราชการดำเนินการในปี 2564- 2565  ดังนี้

1. จัดทำลักษณะสำคัญขององค์กร จำนวน 13 ข้อคำถาม และทบทวนทุกปี
2. ดำเนินการประเมินองค์การด้วยตนเอง(Self-Assessment) หมวด 1- 6 หาโอกาสในการปรับปรุง (Opportunity For Improvement: OFI)
3. นำโอกาสในการปรับปรุง (OFI) มาจัดลำดับความสำคัญและจัดทำแผนพัฒนาองค์การ หมวดละ 1 แผน
4. กำหนดตัวชี้วัดหมวด 7 ผลลัพธ์การดำเนินการตามหัวข้อ 7.1-7.6 จำนวน 6 หัวข้อ ครบ 18 ข้อ
5. ดำเนินการแผนพัฒนาองค์การ
6. จัดส่งเอกสารรายงานความก้าวหน้าผลการดำเนินงานของแผนพัฒนาองค์การและผลลัพธ์ตัวชี้วัด รอบ 3, 6, 9 และ 12 เดือน ให้กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ภายในระยะเวลาที่กำหนด
7. จัดทำแนวทางการปฏิบัติที่เป็นเลิศ (Best Practice) และผลงานที่โดดเด่นจากการนำเกณฑ์คุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ (PMQA) มาพัฒนาบริหารจัดการองค์กรอย่างน้อย 1 เรื่อง