ส่วนราชการในสังกัดสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข หมายถึง ส่วนราชการตามกฎกระทรวงแบ่งส่วนราชการสำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข พ.ศ. 2560 ดังนี้

1. กองส่วนกลาง จำนวน 13 กอง
2. สำนักงานสาธารณสุขจังหวัด จำนวน 76 แห่ง
3. สำนักงานสาธารณสุขอำเภอ จำนวน 878 แห่ง

การพัฒนาคุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ หมายถึง การดำเนินการพัฒนาคุณภาพการบริหารจัดการองค์กรตามแนวทางเกณฑ์คุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ พ.ศ.2558 (Public Sector Management Quality Award : PMQA) ประกอบด้วย    1) ลักษณะสำคัญขององค์กร 2) เกณฑ์คุณภาพการบริหารจัดการภาครัฐ 7 หมวด คือ หมวด 1 การนำองค์การ หมวด 2 การวางแผนเชิงยุทธศาสตร์ หมวด 3 การให้ความสำคัญกับผู้รับบริการและผู้มีส่วนได้ส่วนเสีย หมวด 4 การวัด การวิเคราะห์และการจัดการความรู้ หมวด 5 การมุ่งเน้นบุคลากร หมวด 6 การมุ่งเน้นระบบปฏิบัติการ และหมวด 7 ผลลัพธ์การดำเนินการ โดยดำเนินการในปี 2561- 2565  ดังนี้

1. จัดทำลักษณะสำคัญขององค์กร จำนวน 13 ข้อคำถาม และทบทวนทุกปี
2. ดำเนินการภาคบังคับในปี 2561-2563 ปีละ 2 หมวด และปี 2564 -2565         

ปีละ 6 หมวด และคงรักษาสภาพ (Maintain) หมวดที่ดำเนินการไปแล้ว

1. นำโอกาสในการปรับปรุง (Opportunity For Improvement: OFI) ที่ได้จากการประเมินองค์การด้วยตนเอง (Self Assessment) เทียบกับเกณฑ์ฯ มาจัดทำแผนพัฒนาองค์การ หมวดละ 1 แผน
2. กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข กำหนดตัวชี้วัดบังคับ หมวดละ 2 ตัวชี้วัด ใช้วัดผลการดำเนินงานของส่วนราชการ
3. ให้ส่วนราชการกำหนดตัวชี้วัดขึ้นเองหมวดละ 3 ตัวชี้วัด ตามหมวด 7 ผลลัพธ์การดำเนินการ หัวข้อ 7.1-7.6 ให้มีความสอดคล้องกับ OFI (Opportunity for Improvement) พร้อมจัดทำรายละเอียดตัวชี้วัด (KPI Template)
4. ดำเนินการตามแผนพัฒนาองค์การของส่วนราชการ
5. จัดส่งเอกสารรายงานความก้าวหน้าผลการดำเนินงาน รอบ 3, 6, 9 และ 12 เดือน ให้กลุ่มพัฒนาระบบบริหาร สำนักงานปลัดกระทรวงสาธารณสุข ภายในระยะเวลาที่กำหนด
6. ตรวจประเมินผลการดำเนินงานส่วนราชการในพื้นที่ โดยทีมผู้ตรวจประเมิน (Auditor) และกลุ่มพัฒนาระบบบริหาร จำนวน 2 รอบ